মূল আফ্রিকান নদী হ'ল নীলযা বিশ্বের দ্বিতীয় দীর্ঘতম নদীর রেকর্ড ধারণ করে। এটি বুরুন্ডিতে জন্মগ্রহণ করেছে এবং দুটি প্রধান উপনদী রয়েছে, হোয়াইট নীল এবং নীল নীল। প্রথম রুয়ান্ডা থেকে তানজানিয়া, উগান্ডা এবং সুদান হয়ে আফ্রিকান গ্রেট লেকস অঞ্চলটি অতিক্রম করে। দ্বিতীয়টি ইথিওপিয়া এবং সুদান দিয়ে যায়।
সুদানের রাজধানী খার্তুমের আশেপাশে, চ্যানেলগুলি যোগ দেয় এবং নদীর উত্তর অংশ শুরু হয়, যা সুদান এবং মিশরের মধ্য দিয়ে প্রবাহিত হয়। মিশরীয় সভ্যতা ফারাও যুগ থেকে তার বিকাশের জন্য নদীর জলের উপর নির্ভর করে এবং এমনকি আজও দেশের প্রধান শহরগুলি নীল উপত্যকায় অবস্থিত এবং আসওয়ান বাঁধের মতো সেচ প্রকল্পের জন্য এটির উপর নির্ভরশীল। এর মুখ একটি ব-দ্বীপ গঠন করে, এর জল জমা করে ভূমধ্য। এর হাইড্রোগ্রাফিক বেসিন আফ্রিকান পৃষ্ঠের প্রায় 10% জুড়ে রয়েছে।
মহাদেশটির দ্বিতীয় সবচেয়ে গুরুত্বপূর্ণ নদী হলো কঙ্গো । এটি ৪,০০০ কিলোমিটারেরও বেশি দীর্ঘ। এর জলধারা ও উপনদীগুলো আমাজনের পর বিশ্বের দ্বিতীয় বৃহত্তম ক্রান্তীয় বৃষ্টি-অরণ্যের মধ্য দিয়ে প্রবাহিত হয়। কঙ্গো প্রজাতন্ত্রের রাজধানী ব্রাজাভিল এবং গণতান্ত্রিক কঙ্গো প্রজাতন্ত্রের রাজধানী কিনশাসা এই নদীর তীরে অবস্থিত, যা বিশেষ করে এই দুটি শহরের মধ্যবর্তী অংশে সহজেই নৌচলাচলের উপযোগী। এটি একটি মোহনার মাধ্যমে আটলান্টিক মহাসাগরে পতিত হয়েছে।
পশ্চিম আফ্রিকার নাইজার নদীও চার হাজার কিলোমিটারের বেশি দীর্ঘ । এটি গিনিতে উৎপন্ন হয়ে মালি, নাইজার, বেনিন এবং নাইজেরিয়ার মধ্য দিয়ে প্রবাহিত হয়ে আটলান্টিক মহাসাগরের একটি বৃহৎ ব-দ্বীপে পতিত হয়েছে। এর কিছু এলাকা নৌচলাচলের যোগ্য, যা এটিকে এর অতিক্রমকারী দেশগুলোর মধ্যে পরিবহনের একটি কার্যকর মাধ্যম করে তুলেছে। মালির রাজধানী বামাকো হলো নাইজার নদীর উপর নির্মিত একটি সেতু।
জাম্বেজি নদী মহাদেশটির দক্ষিণ অংশে অবস্থিত। এটি ২৫০০ কিলোমিটারের কিছু বেশি দীর্ঘ । এর উৎপত্তি জাম্বিয়াতে, যা অ্যাঙ্গোলা, জিম্বাবুয়ে এবং মোজাম্বিকের ওপর দিয়ে প্রবাহিত হয়ে ভারত মহাসাগরে পতিত হয়েছে এবং একটি বিশাল ব-দ্বীপ গঠন করেছে। এর গতিপথ মাঝে মাঝে খরস্রোত ও জলপ্রপাত দ্বারা বাধাগ্রস্ত হয়, তাই এটি কেবল অল্প অংশেই নৌচলাচলের যোগ্য। এর গতিপথের সবচেয়ে উল্লেখযোগ্য বাধা হলো ভিক্টোরিয়া জলপ্রপাত, যা বিশ্বের বৃহত্তম জলপ্রপাত এবং একটি ইউনেস্কো বিশ্ব ঐতিহ্যবাহী স্থান। এর জল জলবিদ্যুৎ উৎপাদনের জন্যও ব্যবহৃত হয়।
দক্ষিণ আফ্রিকায় ১৬০০ কিলোমিটার দীর্ঘ লিম্পোপো নদীটি সেই দেশ ও মোজাম্বিকের মধ্য দিয়ে প্রবাহিত হয়ে অবশেষে ভারত মহাসাগরে পতিত হয়েছে।